Lo primero comentarte que 1000 vuelta, es altillo, lo normal andaría por 800, 900 vueltas. Dicho esto, te comento. Supongo que habrás descartado todo lo que son tomas de aire, en un coche que se coge a diario, no son muy apreciables, a no ser que sea una gran toma. En mi caso que suelo coger el coche cada 10 ó 15 días, y siendo una toma pequeñita, por no decir ridícula, yo lo he podido casi disimular como ya te comenté, cambiando filtro, por uno de boca mayor, y volviendo al combustible que antes echaba, que parece que le va mejor que el de Repsol. Tal vez no tenga nada que ver, pero si tengo claro que ahora casi va perfecto, no lo noto, pero si noto aun algunas diferencias en la tonalidad del encendido del motor, pero muy pocas, prácticamente nada. Que esto también podría venir por los calentadores que, aunque los cuatro estén bien, alguno podría tener un mayor desgaste, aunque también podría ser por el estado de la batería, ya que tiene para tres o cuatro años, y no da toda la potencia que debiera, aunque arranca perfectamente a la primera y sin echar nada de humo blanco. Yo he llegado a arranca el coche con tres calentadores, durante un verano el motor, listos, eso si fue llegar los fríos y aquello no arrancaba, la sorpresa fue cuando los comprobé, y salieron tres que no funcionaban nada.
Ya te dijo lo más pequeño puede crear una toma, desde los tubitos de los inyectores, que cambie no hace mucho, hasta como pude leer no hace mucho a un amigo por el foro hasta un simple problema de un taco de motor, que también puede causar dicha similitud de problema.
Ya te dijo son muchas cosillas a revisar, pero quien mejor que su dueño, para saber que has cambiado y que no.
Dices que el vaso del filtro es nuevo, supongo que, sí, cambiaron el filtro, que hay cada mecánico por el mundo. Yo que tu le echaba un vistazo.