Hola.
Se entiende que el ventilador que no te iba es el del habitáculo, en ese caso no debería afectar como te dicen al funcionamiento del aire.
La calefacción lleva un radiador como el del motor, pero más pequeño, se hace pasar el aire por el y entra al habitáculo.
La trampilla de mezcla aire frio/aire caliente podría estar rota, pero esta creo que no va en el motoventilador que te arreglaron. (Si estuviera rota , yo imagino que saldría o solo de la calle o solo calefacción, pero si puedes quitar la calefacción imagino que no estará rota)
¿El embrague del compresor se activa? (Suponiendo que lleve, y no sea de cilindrada variable pero por el año imagino que lleva). Para saber si entra , cuando enciendes el aire se escucha un clack.
Si no se activa puede ser, exceso de gas o falta de gas. En caso de que el gas este Ok, comprobar que le llegue tensión a la bobina del embrague del compresor. Si no llega revisar fusible y cableado, o presostato trifunción (este corta la alimentación del compresor por exceso o falta de presión de gas, va situado en el condensador).
Sin ver el esquema, puede ser que al accionar el botón del clima, la centralita active el compresor mediante un relé, verificar relé y si es alimentado al poner el aire, si el relé no se alimenta al poner el aire y es comandado por la BSI (No he visto el esquema), es que la BSI no manda señal, pudiera ser bien el cableado del botón KO, o la propia BSI.
Esto es a grandes rasgos, si me equivoco supongo que algún compañero me corregirá.
Saludos.
PD: Imagino que la bobina del embrague también se habrá podido quemar, comprobar con el polimetro que tenga continuidad.